یکی از مهمترین ریسک‌های خرید آپارتمان در رهن بانک مسکن، عدم فک رهن به موقع توسط فروشنده است. در صورت عدم پرداخت کامل بدهی به بانک، امکان انتقال سند به نام خریدار وجود نداشته و خریدار در مالکیت آپارتمان با مشکل مواجه می‌شود. حتی ممکن است بانک با توجه به سند رهنی، اقدام به فروش آپارتمان از طریق مزایده کند و خریدار تمام یا بخشی از وجه پرداختی خود را از دست بدهد.

همچنین خریدار آپارتمان رهنی، علاوه بر پرداخت مبلغ توافق شده به فروشنده، مسوولیت پرداخت اقساط باقی‌مانده وام به بانک را نیز بر عهده می‌گیرد. در صورت عدم پرداخت به موقع اقساط، بانک می‌تواند علیه خریدار اقدام قانونی انجام دهد و آپارتمان را به مزایده بگذارد. همچنین، ممکن است هزینه‌های اضافی مانند جریمه دیرکرد و هزینه‌های دادرسی نیز به عهده خریدار باشد.

خرید و فروش آپارتمان‌های رهنی، پیچیدگی‌های حقوقی زیادی دارد و احتمال بروز اختلافات و دعاوی بین خریدار، فروشنده و بانک وجود دارد. این اختلافات ممکن است در مورد میزان بدهی، شرایط فک رهن، مسوولیت پرداخت هزینه‌های جانبی و... باشد.

همچنین، ممکن است مشکلات حقوقی دیگری مانند وجود مالک ثالث، جعل اسناد و یا وجود رهن‌های دیگر بر روی آپارتمان وجود داشته باشد که می‌تواند منجر به بروز مشکلات جدی برای خریدار شود.